KỸ THUẬT REAL-TIME PCR
TRONG ĐỊNH LƯỢNG HIV-1 RNA

Trần Chí Thành, Trần Tôn, Trương Thị Xuân Liên

Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh

Tóm tắt

Định lượng vi rút HIV trong máu là một thông số quan trọng trong chỉ định và theo dơi điều trị cũng như trong chẩn đoán sớm nhiễm HIV ở trẻ sơ sinh.

Trên thị trường đă có nhiều bộ sinh phẩm dùng để xác định số lượng vi rút HIV trong máu. Tuy nhiên việc sử dụng c̣n tương đối hạn chế nhất là ở các nước đang phát triển do giá thành cao và một số sinh phẩm chỉ có hiệu suất tốt đối với HIV-1 tưp B lưu hành chính ở châu âu và Bắc Mỹy4 ANRS Cơ quan quốc gia nghiên cứu về Sida và các vi rút viêm gan của Cộng Ḥa Pháp (ANRS) đă nghiên cứu và phát triển bộ kit Generique với giá thành thấp do sử dụng kỹ thuật real-time PCR và có hiệu suất cao với hầu hết các thứ tưp di truyền của HIV-1 do thiết kế các mồi và mẫu ḍ trên vùng gen LTR (Long Terminal Repeats) có tính bảo tồn cao giữa các thứ tưp di truyền của HIV-1.

Mục tiêu:

Nghiên cứu triển khai và đánh giá khả năng sử dụng bộ kit Generique trong định lượng HIV-1 tại pḥng xét nghiệm HIV/AIDS của Viện Pasteur TP. HCM nhằm phục vụ chẩn đoán theo dơi số lượng vi rút HIV-1 trong máu cho bệnh nhân nhiễm HIV trong điều trị bằng ARV và chẩn đoán sớm nhiễm HIV cho trẻ (<18 tháng tuổi) có mẹ bị nhiễm HIV.

Vật liệu và phương pháp:

­        114 mẫu máu trẻ (<18 tháng tuổi) bao gồm 58 mẫu có HIV-1 DNA dương tính và 56 mẫu âm tính HIV-1 DNA.

­        10 mẫu huyết tương chuẩn của tổ chức ANRS (Pháp) và 20 mẫu huyết tương chuẩn của tổ chức NIH (Hoa Kỳ) dùng để kiểm tra chất lượng từ bên ngoài (External Quality Assurance)

Tất cả các mẫu được tiến hành định lượng HIV-1 RNA bằng bộ kit Generique và theo đúng quy tŕnh chuẩn do bộ kit hướng dẫn và được thực hiện trên hệ thống máy realtime PCR ABI 7500.

Kết quả:

­        Tất cả 56 mẫu âm tính HIV-1 DNA th́ không phát hiện HIV-1 RNA trong huyết tương bằng kỹ thuật realtime.

­        Tất cả 58 mẫu dương tính HIV-1 DNA th́ đă phát hiện và xác định được số lượng HIV-1 RNA trong huyết tương.

­        Kết quả phản hồi từ 2 tổ chức ANRS và NIH về kết quả định lượng các bộ mẫu huyết thanh chuẩn, các giá trị về số lượng bản mẫu HIV-1 RNA (giá trị tuyệt đối, giá trị log) đều không khác biệt với kết quả gốc (p<0. 01).

Kết luận:

Quy tŕnh kỹ thuật và chất lượng xét nghiệm khi sử dụng bộ kit Generique đă được đánh giá với kết quả tốt bởi 2 hệ thống kiểm tra chất lượng quốc tế, do đó có thể ứng dụng rộng răi và triển khai phục vụ cho công tác theo dơi điều trị của bệnh nhân. Việc ứng dụng trong chẩn đoán sớm nhiễm HIV cho trẻ (< 18 tháng tuổi) có khả quan cao v́ sự tương đồng kết quả 100% giữa kỹ thuật định lượng HIV-1 RNA so với kỹ thuật PCR “tổ” phát hiện DNA bộ gen HIV-1 trong tế bào bạch cầu đơn nhân trong máu ngoại vi. Giá thành xét nghiệm thấp so với các kỹ thuật định lượng khác.


 

THE HIV-1 RNA REAL-TIME PCR ASSAY

Tran Chi Thanh, Tran Ton, Truong Thi Xuan Lien

Pasteur Institute in HoChiMinh City, Vietnam

Abstract

HIV RNA viral load is one of significant virologic markers for the early diagnosis of HIV-1 infection in children and for the monitor of patients receiving ARV.

Conventional approaches (commercial kits) are not adapted to routine mainly because they remain too expensive for patients and some commercial kits are just sensitive to HIV-1 subtype B which circulates in Europe and North America.

An alternative approach, Genericque Kit based on real time PCR technology, was developed by the ANRS (France) working group for the quantification of HIV. This assay targets a conserved region in the long terminal repeat (LTR) region of the HIV-1 major group, including circulating recombinant forms such as CRF02 A/G and CRF 01 A/E which are predominant in sub Saharan African countries and in South East Asia, respectively.

Objectives:

To implement and to evaluate a low-cost alternative strategy, the HIV-1 LTR RNA real time RT PCR; and to apply for early diagnosis HIV infection in babies borned from HIV infected mothers and for virological following-up of HIV infected patients under ARV (at HIV/AIDS Laboratory of Pasteur Institute in HoChiMinh City).

Material & Methods:

-        114 blood samples from 58 HIV-1 DNA positive and 56 HIV-1 DNA negative children were tested by nested PCR for HIV-1 DNA in peripheral blood mononuclear cells, then compared with the HIV-1 RNA LTR real-time RT-PCR assay (Generique Kit)

­        10 unknown samples from ANRS and 20 from NIH (USA) for External Quality Assurance.

The assays were done on the ABI 7500 real-time system.

Results:

-        All of 56 HIV-1 DNA negative samples were not detected of HIV-1 RNA by real-time.

­        All of 58 HIV-1 DNA positive samples presented a detectable viral load by real-time.

­        The feed-back results from ANRS and NIH are not different with the reference laboratory’s results of HIV-1 RNA number copies and log value (p<0. 01).

Conclusion:

The procedure and quality of performance the Generique Kit was validated by two international organizations in External Quality Assurance. The implementation this assay as routine is acceptable for following-up the patients under ARV treatment, and for early diagnosis of HIV infection in babies born from HIV positive mothers due to 100% concordance between the result of HIV-1 RNA real-time and the detection of HIV-1 DNA in peripheral blood mononuclear cells by nested PCR and especcially with low price cost.